PC_BASE在近些年的发展之中遇到了一个很大的难题，当初大家之所以选用PC_BASE是因为开发方便，特别是DOS和X86兼容年代，大家可以在一周的时间编写出一个很复杂的控制类程序，在刚有网络的时候，大家通过BBS互通有无，当时感觉有一种一切均在掌握之中的感觉。
现在DOS使用者越来越少，于是很多的厂商在引导工程师走WINNT的平台，而WINNT对于底层的屏蔽使广大底层软件开发工程师感到相当郁闷，因为WINNT体系的WDM驱动程序开发需要用到DDK等复杂工具，但如果使用XTOOLS之类的简易开发工具又会让人有一种隔鞋搔痒的感觉，让PC_BASE的开放和方便大大的被抵消了。同时WINNT体系的低可靠让大多数自动化工程师望而止步。
2.0以前的WINCE也是一个让人发狂的软件，不光可靠差，实时也相当差劲，让人怀疑这玩意只能用来做做显示屏，后来wince2.0出来后还好一点，但个人对WINCE还是有抵触，可能是当初吃苦头吃多了，总认为一个工控产品不适合选用WINCE做操作系统，因为WINCE的系统结构包括兼容、开放、图形方面的优点都是针对手持消费类产品的，如PDA之类，对于工控需要的高实时和高可靠实在有点不及格。这一方面linux要更差一些，因为linux是为商用电脑开发的，很多公司都在为linux进行减肥并把抢占式的调度机制强行加入linux，从而可以使linux可以用在嵌入式的环境，但WINCE有的缺点它也都有，同时还要更严重，所以也不是一个好的选择。在操作系统方面，其实像VXWORKS和NECLUES之类的可能是一个不错的选择，因为用户多是工业方面的，对系统的可控制比较强，如果是高要求的开发者还可以买源码，这样如果操作系统内有问题就可以自己调试，我们就曾发现NECLUES操作系统的8019驱动方面有问题，主要是实时高速通信会有堵塞的问题，后来发现这一部分代码是从linux的源码中移植过来的，所以linux也有类似的问题。
对于PC_BASE体系更要命的是低档X86的配套芯片都已停产，包括DRAM等，使大家想接着使用386、486、586都不可能了，（我一直很喜欢ICOP的M6117，可惜现在DRAM真是买不到新货，全吃库存了），除非使用旧芯片。同时现在intel和微软已完全放弃了向下兼容的规则，使PC_BASE存在的意义日益减少。没有哪家工控厂商都跟上这两位大佬的更新速度，当你的产品准备面市时，你会发现你使用的所有器件均已停产，你只能上二手市场去买拆机件。
在PC_BASE发展过程中大多数厂商都遇到了PC_BASE单体成本高、需要用户有较强的开发能力的问题，使PC_BASE的量很难做大，对厂商的技术支持的能力和要求很高。为此很多工控机的厂商都找到了像KW、infoteam、ISAGRAF、3S这样的软逻辑开发商，利用工控机或者PC104+IO板卡来组成一个控制平台，这种控制平台大的优点在于可以支持现有PC的各种资源，使监、控可以做在一体，缺点主要是从小型PLC来说，成本太高，从中大型PLC来说点数又太少，同时抗干扰和抗振动方面存在许多架构问题。
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