可编程控制器按扫描方式工作，分散控制系统按用户程序的指令工作。因此，可编程控制器对每个采样点的采样速度是相同的，而分散控制系统中，可根据被检测对象的特采用不同的采样速度，例如，流量点的采样速度是1S，温度点的采样速度是20S等。此外，在分散控制系统中，可以设置多级中断优先级，而可编程控制器通常不设置中断方式。
存储器容量上，可编程控制器所需运算大多是逻辑运算，因此，所需存储器容量较小，而分散控制系统需进行大量数字运算，存储器容量大。运算速度方面，模拟量运算速度可以较慢，而开关量运算需要较快的速度。抗干扰和运算精度方面，两者也有所不同，例如，开关量的抗干扰较模拟量的的抗干扰要强，模拟量的运算精度要求较高等。
分散控制系统的分散过程控制装置安装在现场，除需按现场的工作环境设计外，分散控制系统的装置通常根据安装在控制室的要求设计。可编程控制器是按照工作环境的要求设计，因此在元器件的可靠方面需有专门的考虑，对环境的适应也需专门考虑，以适应恶劣工作环境的需要。
随着应用范围的扩展，可编程控制器和分散控制系统、现场总线控制系统、数据采集和系统相互渗透，互相补充。例如，可编程控制器扩展模拟量控制的功能，分散控制系统扩展开关量控制的功能等，出现“你中有我，我中有你”的综合集成趋势。
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